康復訓練軟件的注冊證辦理流程如下：

1. 了解相關規定：首先需要了解所在國家或地區對于康復訓練軟件注冊證的相關規定和要求。

2. 準備申請資料：根據相關規定，準備申請資料，包括軟件的技術規格、功能描述、用戶手冊、測試報告等。

3. 提交申請：將申請資料提交給相關的注冊機構進行審核。

4. 審核與評估：注冊機構會對申請資料進行審核和評估，包括對軟件的安全性、有效性、質量可控性等方面進行評估。

5. 獲得注冊證書：如果康復訓練軟件通過了注冊機構的審核和評估，會獲得相應的注冊證書，允許軟件上市銷售和使用。