康復訓練軟件生產許可證的辦理流程如下：

1. 了解相關規定：首先需要了解所在國家或地區對于康復訓練軟件生產許可證的相關規定和要求。

2. 準備申請資料：根據相關規定，準備申請資料，包括企業營業執照、生產設備清單、工藝流程圖、質量管理體系文件等。

3. 提交申請：將申請資料提交給相關的生產許可證頒發機構進行審核。

4. 現場檢查：生產許可證頒發機構會對申請企業的生產現場進行檢查，包括生產設備、工藝流程、質量管理體系等方面。

5. 審核與批準：生產許可證頒發機構會對申請資料和現場檢查結果進行審核，如果審核通過，會頒發相應的生產許可證，允許企業生產康復訓練軟件。

6. 后續監管與更新：企業需要接受生產許可證頒發機構的監管，并定期更新和維護生產許可證。如果企業進行了重大更新或修改，需要重新提交申請，經過審核后才能重新獲得生產許可證。