牙科綜合治療機生產許可證的辦理流程如下：

1. 準備申請資料：需要準備企業的基本資料、生產場所和設備的現場檢查報告、產品質量檢測報告等相關資料。

2. 提交申請：將申請資料提交給當地藥監部門。

3. 現場檢查：藥監部門會對企業的生產場所和設備進行現場檢查，確保企業的生產條件和質量管理體系符合國家相關法規和標準。

4. 產品抽樣檢測：藥監部門會對企業的產品進行抽樣檢測，確保產品的質量和安全性符合國家相關法規和標準。

5. 審核批準：藥監部門會對企業的申請資料和現場檢查結果進行審核，如果審核通過，則會頒發生產許可證。