醫學影像數據傳輸處理軟件的注冊證辦理流程如下：

1. 確定產品分類：根據《醫療器械分類目錄》，確定醫學影像數據傳輸處理軟件屬于哪一類醫療器械。

2. 準備申請資料：根據相關法規要求，準備申請資料，包括軟件的功能描述、技術規格、操作說明、安全性評估報告、生產質量管理體系文件等。

3. 提交申請：向國家藥品監督管理部門提交申請，并繳納相應的注冊費用。

4. 審核與評估：國家藥品監督管理部門將對申請資料進行審核與評估，包括對軟件的安全性、有效性、質量可控性等方面進行全面審查。

5. 現場檢查：如果需要進行現場檢查，國家藥品監督管理部門將組織專家進行現場檢查，核實軟件的實際運行情況和生產質量管理體系的執行情況。

6. 審批與發證：如果醫學影像數據傳輸處理軟件通過審核和評估，國家藥品監督管理部門將頒發醫療器械注冊證，允許產品上市銷售。