圍術期生理參數監測及輔助預警軟件注冊證的辦理流程如下：

1. 軟件研發與測試：完成軟件的研發和功能測試，確保其滿足市場需求和性能要求。

2. 準備注冊申請材料：根據相關法規和標準，準備注冊申請材料，包括軟件的技術規格、功能描述、用戶手冊、質量管理體系文件等。

3. 提交注冊申請：向國家藥品監督管理部門提交注冊申請，并提交所有相關材料。

4. 接受審查與核查：國家藥品監督管理部門將對申請材料進行審查，并可能進行現場核查，以核實軟件的實際生產過程和質量控制情況。

5. 獲得注冊證：如果軟件通過審查和核查，將獲得相應的注冊證，允許其上市銷售。

6. 證書維護與更新：注冊證的有效期可能有限，因此需要定期進行維護和更新，以確保軟件的合規性。