全數字超聲診斷系統注冊證的辦理流程如下：

1. 準備申請資料：根據相關法規和標準，準備注冊申請資料，包括產品技術要求、質量管理體系文件、生產工藝流程圖、安全性和有效性數據等。

2. 提交申請：將申請資料提交給國家藥品監督管理部門進行注冊申請。

3. 審查與核查：國家藥品監督管理部門將對申請資料進行審查，并可能進行現場核查，以核實產品的實際生產過程、質量控制情況以及臨床試驗數據等。

4. 獲得注冊證：如果全數字超聲診斷系統通過審查和核查，將獲得相應的注冊證，允許產品上市銷售。

5. 證書維護與更新：注冊證的有效期可能有限，因此需要定期進行維護和更新，以確保產品的合規性。