小型分子篩制氧機生產許可證的辦理流程如下：

1. 了解相關法規和標準：首先，需要了解國家關于醫療器械生產的相關法規和標準，以確保企業的生產和質量控制符合要求。

2. 建立質量管理體系：建立完善的質量管理體系，確保小型分子篩制氧機的生產過程符合相關法規和標準要求。質量管理體系應包括質量手冊、程序文件、作業指導書等。

3. 申請生產許可證：向所在地省級或設區的市級食品藥品監督管理部門提交生產許可證申請，并提交必要的技術文檔和資料。這些資料應包括質量管理體系文件、生產工藝流程、設備清單等。

4. 現場核查與審核：相關部門將對企業的生產和質量控制情況進行現場核查和審核，以確保其符合相關法規和標準要求。核查和審核的內容可能包括生產環境、設備設施、人員資質、質量管理體系等。

5. 審批與頒發生產許可證：如果企業的生產和質量控制情況通過了現場核查和審核，相關部門將頒發醫療器械生產許可證。生產許可證的有效期通常為5年。

6. 持續監管與再注冊：在獲得生產許可證后，企業應繼續遵守相關法規和標準要求，并接受國家藥品監督管理部門的持續監管。此外，在生產許可證有效期屆滿前，應向相關部門申請再注冊，以確保企業能夠繼續生產和銷售小型分子篩制氧機。