親水性纖維敷料作為第三類醫療器械，其注冊證辦理需要遵循以下步驟：

1. 了解相關法規和標準：深入了解中國國家藥品監督管理局（NMPA）對第三類醫療器械的注冊要求和相關法規，確保產品符合規定。

2. 準備申請資料：根據NMPA的要求，準備詳細的申請資料，包括產品技術文檔、質量管理體系文件、生產工藝流程圖、性能測試報告等。確保資料完整、準確。

3. 網上/窗口遞交材料：將準備好的申請資料提交給NMPA。可以選擇在網上提交或親自前往窗口遞交。

4. 受理和審查：NMPA將對提交的申請資料進行受理和審查。這一階段可能包括形式審查、技術審查和現場檢查等環節。

5. 批準與發證：如果申請資料通過審查，NMPA將頒發第三類醫療器械注冊證。注冊證的有效期通常為5年。

6. 資料存檔與后續監管：確保將注冊證和其他相關資料妥善存檔，并接受NMPA的后續監管。這包括定期的質量管理體系審核和產品抽檢等。