一次性使用彈性線套扎吻合器的注冊證辦理流程如下：

1. 準備注冊資料：首先，需要準備完整的注冊資料，包括產品技術要求、安全風險分析報告、產品性能自測報告、醫療器械檢測機構出具的產品注冊檢測報告等。這些資料需要在申請前進行預評價，確保符合相關法規和標準的要求。

2. 提交注冊申請：將準備好的注冊資料提交給國家藥品監督管理部門，并按照規定繳納相關費用。

3. 審查與批準：國家藥品監督管理部門將對申請資料進行審查，包括形式審查和實質審查。如果申請資料符合要求，將頒發醫療器械注冊證。醫療器械注冊證的有效期一般為5年。

4. 后續監管：在醫療器械注冊證有效期內，國家藥品監督管理部門將對產品進行監督檢查，確保產品持續符合注冊要求。