全自動化學發光免疫分析儀的注冊證辦理流程如下：

1. 準備申請資料：根據相關法規要求，準備完整的申請資料，包括產品技術要求、質量管理體系文件、生產和質量控制過程的相關文件、臨床試驗報告等。

2. 提交申請：將申請資料提交給當地藥品監督管理部門進行審查。

3. 技術評審：管理部門將對申請資料進行技術評審，包括產品的安全性、有效性、質量可控性等方面的評估。

4. 現場核查：管理部門將對生產現場進行現場核查，核實生產條件、設施設備、質量控制體系等是否符合要求。

5. 審批與發證：如果通過技術評審和現場核查，管理部門將頒發全自動化學發光免疫分析儀的注冊證。