全自動化學發光免疫分析儀的生產許可證辦理流程如下：

1. 了解相關法規和標準：首先需要了解國家或地區對于醫療器械生產和質量控制的法規和標準，例如《醫療器械監督管理條例》、《醫療器械生產質量管理規范》等。

2. 建立質量管理體系：根據法規要求，建立質量管理體系，包括質量手冊、程序文件、作業指導書等，確保生產過程的可控性和產品質量的一致性。

3. 進行生產和質量控制人員培訓：生產和質量控制人員需要經過培訓，掌握相關的法規、標準、生產工藝和檢測方法等知識，以確保生產出的產品符合要求。

4. 準備申請資料：根據當地法規要求，準備申請生產許可證所需的資料，包括企業基本情況、生產設施和設備情況、質量管理體系文件、生產和質量控制人員資質等。

5. 提交申請資料：將申請資料提交給當地醫療器械監管部門進行審核。

6. 現場檢查：監管部門會對企業進行現場檢查，核實企業的生產條件、質量管理體系的建立和運行情況等是否符合法規要求。

7. 審核與決定：監管部門根據申請資料和現場檢查結果進行審核，如果符合要求，將頒發全自動化學發光免疫分析儀的生產許可證。

8. 許可證管理：生產許可證的有效期通常為5年，期間需要定期進行監督檢查和產品抽檢，確保企業持續符合法規要求。