電動輪椅車注冊證的辦理流程如下：

1. 準備申請資料：

1. 填寫申請表，并提交上述證明、憑證。

2. 提交資料后，公安機關交通管理部門會在近期及時向社會公布辦理地點和代辦點，并請留意并就近辦理。

3. 公安機關交通管理部門收到注冊登記申請后，對申請材料齊全的，應當確認車輛，當場辦理注冊登記手續，核發號牌、行駛證。對申請材料不齊全的，應當一次性告知需要補正的材料。對不予辦理注冊登記的，應當書面告知理由。

4. 電動自行車和機動輪椅車的號牌、行駛證式樣，由自治區公安機關交通管理部門規定并監制。

5. 有下列情形之一的，不予辦理注冊登記：