自動核酸分子雜交儀的出口認證辦理流程可能因目標市場的不同而有所差異。但通常來說，需要經過以下幾個步驟：

1. 了解目標市場的認證要求：在開始認證辦理之前，需要詳細了解目標市場的認證要求，例如是否需要進行CE認證、FDA認證或其他國家特定的認證。了解這些要求可以幫助你確定所需的認證類型和流程。

2. 準備申請材料：根據目標市場的認證要求，準備申請材料。這可能包括產品技術規格、使用說明、質量管理體系文件、測試報告等。確保申請材料的完整性和準確性，以滿足認證機構的要求。

3. 選擇認證機構：選擇一個合適的認證機構，例如歐洲的CE認證機構或美國的FDA認證機構。確保該機構具有相應的認證資質和經驗，以便能夠順利完成認證過程。

4. 提交申請并等待審核：將準備好的申請材料提交給所選的認證機構。認證機構將對申請材料進行審核，并可能進行現場檢查或要求提供額外的測試數據。

5. 獲得證書：如果申請材料和現場檢查均符合要求，認證機構將頒發相應的證書，允許自動核酸分子雜交儀在目標市場銷售。證書的有效期可能有所不同，需要關注證書上的有效期和續期要求。