自動核酸分子雜交儀的生產許可證辦理流程如下：

1. 準備申請資料：根據相關規定，準備完整的申請資料，包括企業基本情況介紹、產品技術文檔、質量管理體系文件、生產設施和設備清單等。確保申請資料符合相關規定。

2. 提交申請：將完整的申請資料提交給相關機構。確保申請材料的完整性和準確性，按照規定的方式和格式進行遞交。

3. 現場審查：相關機構將對企業的生產設施、設備、質量管理體系等進行現場審查，以確保企業具備符合規定要求的生產條件和能力。這一過程可能需要一定的時間，具體取決于不同國家和地區的規定。

4. 頒發生產許可證：如果現場審查通過，相關機構將頒發生產許可證，允許企業在該國家或地區生產自動核酸分子雜交儀。生產許可證的有效期可能有所不同，具體取決于不同國家和地區的規定。