一次性使用肛腸吻合器及附件的注冊證辦理涉及醫療器械的注冊管理制度。具體步驟如下：

1. 準備申請資料：需要準備產品技術要求、質量管理體系文件、生產許可證明、臨床試驗報告等相關資料。

2. 提交申請：向所在地省級或國家藥品監督管理部門提交醫療器械注冊申請。

3. 主管部門審核：藥品監督管理部門會對申請資料進行審核，包括產品技術要求、安全性能、有效性等方面。

4. 現場核查：藥品監督管理部門會對企業進行現場核查，核實企業的生產和質量管理體系是否符合要求，并對企業的生產和檢驗設備進行檢驗。

5. 審批與發證：如果申請資料和現場核查都符合要求，藥品監督管理部門會頒發醫療器械注冊證。

6. 注冊證管理：企業需要妥善保管注冊證，并按照監管機構的要求進行年度報告、質量管理體系審核等后續工作。