軟式內鏡清洗消毒器注冊證的辦理過程通常涉及以下步驟：

1. 準備技術資料：收集和整理關于軟式內鏡清洗消毒器的技術資料，包括但不限于產品說明書、技術規格、生產工藝、質量管理體系文件、產品檢測報告等。確保這些資料完整、準確，并符合相關法規和標準的要求。

2. 提交申請：將準備好的技術資料提交給國家藥品監督管理部門或指定的醫療器械注冊受理機構。申請資料需要經過受理審查，以確認其是否符合要求。

3. 審查與評估：如果申請資料符合要求，注冊受理機構將對軟式內鏡清洗消毒器的安全性、有效性、質量可控性等方面進行審查和評估。在這個過程中，可能需要配合監管部門的調查和檢查，包括提供相關文件、樣品和人員培訓等。

4. 決定與批準：經過審查和評估后，注冊受理機構將作出是否批準的決定。如果產品獲得批準，將獲得軟式內鏡清洗消毒器的注冊證。