臥式矩形壓力蒸汽滅菌器作為醫療器械，其注冊證的辦理需要遵循相關法規和標準。具體的辦理流程如下：

1. 了解法規和標準：首先，深入了解有關醫療器械注冊的法規和標準，特別是針對臥式矩形壓力蒸汽滅菌器的具體要求。這可能包括產品的技術性能、安全標準、質量管理體系等方面的規定。

2. 準備申請材料：根據法規和標準的要求，準備相應的申請材料。這可能包括產品說明書、技術規格、質量管理體系文件、臨床試驗數據或相關證明文件等。確保所有材料都真實、準確、完整，并符合法規要求的格式和標準。

3. 提交申請：將準備好的申請材料提交給相應的監管機構，如國家藥品監督管理部門或省級藥品監督管理部門。在提交申請之前，可能需要支付一定的申請費用。

4. 技術審評：監管機構將對提交的申請材料進行技術審評，評估臥式矩形壓力蒸汽滅菌器的安全性和有效性。這可能涉及到對產品的性能測試、質量管理體系的評估等方面。

5. 現場檢查（如有需要）：根據法規要求，監管機構可能需要進行現場檢查，核實企業的生產條件、質量管理體系和產品質量。這可能包括對企業的生產設備、工藝流程、質量控制等方面進行檢查。

6. 獲得注冊證：如果臥式矩形壓力蒸汽滅菌器通過了技術審評和現場檢查（如有需要），且符合相關法規和標準的要求，監管機構將頒發注冊證。這標志著產品已經獲得了上市銷售的資格。